Wraz z pojawieniem się probiotyków sprzedawanych jako suplementy zdrowotne powszechne stało się odwoływanie się do bakterii w przewodzie pokarmowym jako "dobrych" bakterii lub "złych" bakterii. Według Harvard Medical School Family Health Guide przeciętna osoba przyjmuje około 100 bilionów bakterii w jelicie. "Dobre" bakterie spełniają szereg niezbędnych funkcji w przewodzie pokarmowym. Niektóre "złe" bakterie nie powodują żadnych problemów, o ile ich liczba pozostaje niska, ale może powodować nudności, jeśli rozmnażają się lub podróżują do innych części ciała.
Pokonanie złych bakterii
Dobre bakterie pomagają zapobiegać namnażaniu się złych bakterii i powodowaniu choroby na kilka sposobów. Wykorzystują składniki odżywcze, aby złe bakterie nie miały do nich dostępu. Pałeczki kwasu mlekowego, występujące głównie w jelicie cienkim, oraz Bifidobacteria, znajdujące się głównie w jelicie grubym, utrzymują kwaśne środowisko w jelitach, wytwarzając kwas mlekowy, nadtlenek wodoru i kwas octowy. Kwasowe środowisko zniechęca do rozwoju złych bakterii. Dobre bakterie wzmacniają również błonę śluzową, która wyściela wnętrze jelita, przez co toksyny stają się trudniejsze do oderwania i zamieszkania.
Trawienie składników odżywczych
Trawienie pokarmu zależy od działania dobrych bakterii, które rozkładają złożone cukry, białka i tłuszcze, aby organizm mógł wchłonąć ich energię. Lactobacilli, dominujące mikroorganizmy występujące w jelicie cienkim, rozkładają zarówno białka, jak i laktozę, która znajduje się w produktach mlecznych, i cholesterol do wchłaniania.
Syntetyzowanie witamin
Niektóre bakterie również syntetyzują witaminy. Lactobacillus acidophilus wytwarza witaminę K. Bakterie kwasu mlekowego wytwarzają witaminy z grupy B, podczas gdy bakterie jelitowe wytwarzają witaminę B12.
Wspomaganie układu odpornościowego
Dobre bakterie odgrywają ważną rolę we wspieraniu układu odpornościowego. Jeden rodzaj Lactobacillus, L. caseii, produkuje bakteriocyny, związki, które ograniczają wzrost szkodliwych bakterii w jelicie cienkim. Dobre bakterie zwiększają liczbę białych krwinek zwanych komórkami T, które pomagają w odpowiedzi układu odpornościowego na szkodliwe bakterie. Przegląd dostępnych badań przeprowadzonych przez Veterans Administration Puget Sound Health Care System i opublikowany w wydaniu z kwietnia 2006 roku "The American Journal of Gastroenterology" stwierdził, że przyjmowanie probiotyków, które składają się z "dobrych" bakterii, może skrócić czas trwania biegunki po podawanie antybiotyków i infekcje Clostridium difficile.
